في عام 1975 تم إنشاء معهد بحوث الهيدروليكا ليتولى استكمال وتطوير أعمال محطة التجارب لبحوث الهيدروليكا التي أُسست عام 1947. ويُعد المعهد أحد اثنا عشر معهدًا بحثيًا تحت مظلة المركز القومي لبحوث المياه التابع لوزارة الموارد المائية والري المصرية. وقد أُنشئ المعهد في موقع استراتيجي على نهر النيل، على الضفة الغربية لفرع دمياط من النيل بمدينة القناطر الخيرية بمحافظة القليوبية .

يعد معهد بحوث الهيدروليكا من أقدم المعاهد المتخصصة في مجال الهندسة الهيدروليكية في منطقة الشرق الأوسط وأفريقيا ، ويعمل منذ تأسيسه لتحقيق هدفه الرئيسي المتمثل في أن يكون أكبر معهد متخصص في المنطقة في مجالات البحوث والدراسات المرتبطه بالمياه ودراسات هيدروليكا الأنهار

وقد اكتسب المعهد خبرة علمية متميزة على المستويين الإقليمي والدولي، مما جعله قبلة للباحثين من مختلف أنحاء المنطقة، إضافة إلى كونه منصة لنقل التكنولوجيا إلى الدول المجاورة. وجاءت هذه الخبرة نتيجة سنوات طويلة من الممارسة والخبرة والأداء المتميز في حل المشاكل المرتبطة بمنظومة إدارة المياه.

ويرتبط نشاط البحث التطبيقي في المعهد ارتباطًا وثيقًا باحتياجات المركز القومي لبحوث المياه وخطط التنمية لوزارة الموارد المائية والري. كما ينفذ المعهد دراسات لصالح وزارات أخرى وجهات حكومية وغير حكومية، بالإضافة إلى الشركات الاستشارية.

وعلاوة على ذلك، يساهم المعهد في تقديم التدريب الفني وتعزيز التعاون الدولي في مجالات هندسة الأنهار والهيدرولوجيا البيئية والعديد من الدورات المتخصصه، مما يسهم في بناء القدرات المؤسسية ودعم برامج نقل التكنولوجيا.

ويُعد المعهد اليوم مؤسسة مهمة ونقطة محورية للتعاون والتنسيق في منطقة حوض النيل. وقد بدأ هذا الدور التعاوني بشكل واضح عام 1995 مع إنشاء المركز الإقليمي للتدريب كجزء من المعهد. وخلال فترة قصيرة، أصبح هذا المركز معروفًا ليس فقط في منطقة حوض النيل، بل أيضًا في مختلف أنحاء القارة الأفريقية وشبه الجزيرة العربية.