في عام 1971 ومن خلال مشروع بحثي، تكون أول فريق متخصص لجمع المعلومات واجراء الدراسات علي مواقع النحر والترسيب علي الساحل الشمالي لدلتا النيل حتي يمكن اقتراح الحلول المناسبة وذلك ضمن اكاديمية البحث العلمي للتكنولوجيا بالتعاون مع منظمة الأمم المتحدة للتربية و العلم و الثقافة "اليونسكو" وبرنامج الامم المتحدة للتنمية UNDP. حيث تم انشاء عدد 2 محطة بحثية في كل من أبو قير ورأس البر. وبدء العمل في محطة ابو قير التابعة للمشروع عام 1972. في عام 1973 صدر قرار رئيس الاكاديمية بإنشاء فرع لمعهد علوم البحار والمصايد يختص بحماية الشواطئ. وقد نص القرار على ضم الكوادر الفنية ومنشآت المشروع الي معهد علوم البحار والمصايد-فرع وقاية الشواطئ.

وفي عام 1983 صدر القرار الجمهوري رقم 135 لسنة 1982 بضم هذا الفرع الي مركز البحوث المائية بوزارة الري تحت اسم معهد دراسات وبحوث حماية الشواطئ. وف ي عام 1993م  صدر القرار الجمهوري رقم 316 والخاص بتنظيم المركز القومي لبحوث المياه ويضم ضمن معاهده البحثية معهد بحوث الشواطئ.